Die Betriebsleitung des Krankenhauses Rahden setzt sich aus der Geschäftsführung, der Pflegedirektion sowie Mitgliedern der Ärzteschaft zusammen, die als Ärztliche Direktoren die medizinischen Belange des Universitätsklinikums vertreten. Seit 2020 gehört das Krankenhaus Rahden dem Johannes Wesling Klinikum Minden an.